سرویس بهداشت ملی ایالات متحده گزارش می‌دهد حدود یک نفر از هر ۱۰ نفر در طول درمان حالت تهوع، اسهال، سوء هاضمه، نفخ، کم‌اشت‌هایی و درد معده را تجربه می‌کند. با این حال این عوارض جانبی باید به زودی پس از اتمام مصرف آنتی‌بیوتیک کاهش یابد.
در بررسی سال ۲۰۲۰ که نتایج آن در نشریه مرز‌ها در میکروبیولوژی سلولی و عفونت (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology) منتشر شد، ا،ر آنتی‌بیوتیک‌ها تنوع میکروبی روده را کاهش می‌دهد؛ بنابراین بازیابی فلور روده مهم است.
برای شروع مصرف روزانه یک پروبیوتیک را در نظر بگیرید. بر اساس تحقیقاتی که در سال ۲۰۱۴ در مجله جه، گوارش (Gastroenterology) ارائه شده، این مکمل‌ها ممکن است با پر ، مجدد روده با باکتری‌های خوب از اسهال مرتبط با آنتی‌بیوتیک جلوگیری کند. از طرف دیگر غذا‌های غنی از پروبیوتیک مانند ماست، کفیر، کیمچی، کلم ترش و ترشی مصرف کنید.
رژیم غذایی غنی از پریبیوتیک‌ها ممکن است سلامت گوارشی را تقویت و اشتها را تنظیم کند؛ همچنین عملکرد سیستم ایمنی را بهبود بخشد؛ بنابراین مطمئن شوید مقدار زیادی میوه، سبزیجات و غلات کامل به ویژه جو، حبوبات، سیب زمینی، سیب و موز سبز مصرف می‌کنید. به ،وان مثال سیر و پیاز حاوی اینولین است؛ یک فیبر پریبیوتیک که به هضم کمک می‌کند.
در تحقیقات بالینی منتشر شده در سال ۲۰۱۰ در نشریه تحقیقات گیاه‌درم، (Phytotherapy) مشخص شد که خار مریم آسیب کبدی ناشی از دارو‌ها را کاهش می‌دهد.
آنتی‌بیوتیک‌ها بر پایه از بین بردن باکتری‌های عامل بیماری عمل می‌کند، اما باکتری‌های خوب روده را نیز از بین می‌برد؛ بنابراین این دارو‌ها می‌تواند بر تنوع میکروبی روده تاثیر بگذارد و باعث ناراحتی معده شود.
به نقل از هلث،وانکومایسین و سایر آنتی‌بیوتیک‌ها نیز می‌تواند شما را در معرض خطر عفونت‌های قارچی تهدیدکننده زندگی و عفونت‌های باکتریایی سیستمیک قرار دهد. همانطور که مشخص است، این دارو‌ها ممکن است با اینترلوکین ۱۷ (IL-۱۷ A) و سایر سلول‌های ایمنی در روده انسان تداخل داشته و بر توانایی آن برای مبارزه با پاتوژن‌ها تاثیر بگذارد؛ بنابراین با در نظر گرفتن این موضوع باید در مورد تاثیر آنتی‌بیوتیک‌ها بر سلامت دستگاه گوارش و نحوه محافظت از روده خود بیشتر دانست.
این دارو‌ها به درمان عفونت‌های باکتریایی کمک می‌کند، اما می‌تواند به باکتری‌های خوب در سیستم بدن شما نیز آسیب برساند.